Крепость Копорье стоит на высокой скале, которая возвышается над рекой Копорка, на краю Ижорской возвышенности. Она была заложена в 1237 г. рыцарями Ливонского ордена. Первое упоминание о ней в новгородских летописях относится к 1240 г., когда была построена деревянная крепость.
В 1241 г. князь Александр Невский, освобождавший Новгородские земли, разрушил Копорье. Однако его сын, князь Дмитрий Александрович, в 1279 г. построил здесь небольшую деревянную церковь, а в следующем, 1280-м — каменный город. Однако спустя два года, в 1282 г., произошел конфликт новгородцев с князем, крепость была разрушена. В 1296 г. на территории крепости была построена Преображенская церковь, а в 1297 г. — и сама крепость.
В конце XV — начале XVI в. крепость была перестроена и усилена. Следующие столетия Копорье неоднократно переходило из рук в руки. Так, в 1581 г. шведы захватили Копорье, однако по договору 1590 г. оно было возвращено России. По Столбовскому миру 1617 г. Копорье вновь отходит Швеции. В 1656—1657 гг. русскими были предприняты безуспешные попытки отбить Копорье. И только 23-28 мая 1703 г., в ходе Северной войны, она была освобождена русскими войсками под командованием графа Б. П. Шереметьева (1652-1719).
В 1708 г. Петр I пожаловал ее светлейшему князю Александру Меншикову, однако после его ссылки Копорская крепость перешла в казну. В 1748-1750 гг. её передали в введение Санкт-Петербургской губернской канцелярии. В 1763 г., когда императрица Екатерина II составляла перечень крепостей, Копорье не было включено в него и, таким образом, было официально исключено из списка оборонительных сооружений.
В 1919 г., во время Гражданской войны, Копорье вновь использовалось в качестве оборонительного сооружения: бойцы Красной армии смогли отразить атаку белогвардейцев. Великая Отечественная война прошла по территории Копорья. 1 сентября 1941 г. советские войска были вынуждены отступить. Освободили крепость Копорье лишь в январе 1944 г.
В Копорье снимались некоторые сцены из фильма «Три мушкетера». В 2001 г. крепость официально получила статус музея.