Современное учебное парусное судно «Херсонес» было построено в Гданьске по правилам и под надзором Морского Регистра СССР по заказу МРХ СССР. Киль заложен 24 декабря 1987 года, строительный номер 3. Судно было передано Севастопольскому ПОРП «Атлантика» (судовладелец до 1991 г.). Первым капитаном стал Елфимов Олег Евгеньевич, который в составе государственной комиссии принял судно в Гданьске в 1989 году. Ему и довелось наречь судно «Херсонесом». Перед тем как стать капитаном на «Херсонесе» Елфимов длительное время был капитаном-дублером на барке «Седов».

В Польше были построены шесть однотипных судов: головной «Дар Млодзёжи» для Гдыни, «Дружба» для Одессы, «Мир» для Ленинграда, «Паллада» и «Надежда» для Владивостока.

В 1997 году парусник стал первым и последним украинским судном, обогнувшим мыс Горн под парусами, на выключенных двигателях. Следует иметь в виду, что предыдущий раз парусник такого класса огибал мыс Горн в 1949 году. Это был барк "Памир". С тех пор повторить подвиг "Херсонеса" никто не смог. Все другие крупные парусники были вынуждены включать двигатели для прохождения мыса.

С 1991 по 2006 год фрегат являлся учебной базой Керченского государственного морского технологического университета. Одновременно на условиях аренды эксплуатировался туристической компанией «Инмарис» (нем. Inmaris Perestroika Sailing GmbH) в качестве круизного судна. В 2006 года из-за финансового спора между арендатором и судовладельцем (Украина не заплатила германской фирме за проведенные ремонтные работы и судно оказалось под угрозой ареста) эксплуатация была прекращена, судно поставлено в отстой в порту Керчь.

При постройке корпус судна был выкрашен в белые цвета. Это решение было принято первым капитаном судна О. Е. Елфимовым. В 2003 году корпус судна перекрашен специальной тёмно-красной краской фирмы AKZO-Farben-International, которую украшает полоса песочно-золотистой охры, идущая вдоль борта. Известные золотые орнаменты кормы этой серии судов (все однотипные судна имеют эту отделку) гармонично вписались в новую окраску[источник не указан 713 дней]. В 2014 году возник спор на право владения судном между Росрыболовством и Минтрансом России, окончившийся в пользу последнего в лице ФГУП "Росморпорт".

9 октября 2015 года фрегат прибыл для прохождения ремонта в Севастопольский филиал ЦС "Звездочка" и 10 декабря 2015 года был поставлен в док.[ По состоянию на 11 июня 2016 года ремонт окончен. Кораблю возвращена первоначальная окраска. Генедиректор «Росморпорта» Андрей Тарасенко сообщил, что «Херсонес» будет базироваться в Севастополе