Основание монастыря относится к 1604 году. Основателем его был инок Иона. В 1604 г. он испросил позволение у царя Бориса Годунова на построение храма во имя свт. Николая Чудотворца с приделом во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба. Благодаря покровительству царей, в том числе Михаила Федоровича, Алексея Михайловича, патриарха Филарета Никитича монастырь был огражден от разных нужд и притеснений. И все же до 1704 г. монастырь жил трудно и мало был известен. Причиною оживления обители послужило перенесение мощей святого Симеона , Верхотурского Чудотворца из села Меркушино в сей монастырь. 12 сентября 1704 г. они были перенесены в монастырскую деревянную церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. С преобразованием монастыря из штатного в общежительный с 1 января 1894 г. быстро стали улучшаться хозяйственные постройки и благоустраиваться существовавшие здесь храмы, а с приходом в связи с этим трех валаамских монахов Иова, Арефы и Илии устроилась в лучшем виде и внутренняя жизнь обители на началах и правилах известного Валаамского Спасо-Преображенского монастыря. Вскоре они ввели общежительные порядки. В 1925 г. монастырь был закрыт. Но монахам удалось организовать скит на заимке Актай. Однако, в 1928 г. и это последнее убежище иноков было разгромлено. В годы советской власти в монастыре размещалась колония для несовершеннолетних преступников. В 1990 г. Верхотурский Николаевский монастырь был возрожден к духовной жизни.
Основание монастыря относится к 1604 году. Основателем его был инок Иона. В 1604 г. он испросил позволение у царя Бориса Годунова на построение храма во имя свт. Николая Чудотворца с приделом во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба. Благодаря покровительству царей, в том числе Михаила Федоровича, Алексея Михайловича, патриарха Филарета Никитича монастырь был огражден от разных нужд и притеснений. И все же до 1704 г. монастырь жил трудно и мало был известен. Причиною оживления обители послужило перенесение мощей святого Симеона , Верхотурского Чудотворца из села Меркушино в сей монастырь. 12 сентября 1704 г. они были перенесены в монастырскую деревянную церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. С преобразованием монастыря из штатного в общежительный с 1 января 1894 г. быстро стали улучшаться хозяйственные постройки и благоустраиваться существовавшие здесь храмы, а с приходом в связи с этим трех валаамских монахов Иова, Арефы и Илии устроилась в лучшем виде и внутренняя жизнь обители на началах и правилах известного Валаамского Спасо-Преображенского монастыря. Вскоре они ввели общежительные порядки. В 1925 г. монастырь был закрыт. Но монахам удалось организовать скит на заимке Актай. Однако, в 1928 г. и это последнее убежище иноков было разгромлено. В годы советской власти в монастыре размещалась колония для несовершеннолетних преступников. В 1990 г. Верхотурский Николаевский монастырь был возрожден к духовной жизни.