Одной из лучших вологодских церквей по праву считается храм во имя святителя Иоанна Златоуста, который находится на берегу реки напротив Софийского собора.
Храм свт. Иоанна Златоуста - это одна из самых древних каменных построек на территории Вологды. По архитектурным достоинствам это одна из лучших вологодских церквей XVII века. Здание находится на набережные реки Вологда и прекрасно дополняет живописный пейзаж. Является украшением заречной части города.
Изначально в храме располагалось 6 пределов. На первом этаже в нижнем (теплом) храме располагались пределы Свт. Иоанна Златоуста, Вмч. Варвары и Василия Исповедника. Храм постоянно надстраивался. И на втором этаже в летнем храме были созданы пределы Жен-Мироносиц и Вологодских Святых.
Ранее часть первого этажа храма была выложена чугунными плитами. В настоящее время они не сохранились. На втором этаже частично сохранились фрески и лепнина, характерные зодчеству второй половины 17 века.
Уникальность храма состоит в том, что в северо-западной части была построена церковь с колокольней. Под колокольней на втором этаже ранее размещался предел Прп. Александра Свирского, упраздненный в 1911 году. По промыслу Божьему литургическое служение храма будет возобновлено именно с этого предела.
В 1930 году закрывшийся храм отдали под нужды военного ведомства. В нем разместился склад. Возможно, благодаря этому удалось сохранить от уничтожения как сам храм, так и украшение его интерьеров – лепнину и живопись.
Постановлением Совета Министров РСФСР от 30.08.1960 № 1327 церковь Иоанна Златоуста отнесена к категории объектов культурного наследия федерального значения.
В начале 2000-х годов церковь возвращена верующим. Храм являлся приписным к церкви Покрова на Торгу.
В 2010 году были возобновлены работы по реконструкции храма. Восстановление велось под контролем Департамента культуры и охраны объектов культурного наследия Вологодской области.